산세의 폭이 넓고 수계가 잘 발달하여 다양한 동식물이 분포할 것으로 판단되나, 과거에 인간의 간섭이 심하였고 70년대 이후에는 정상부의 군사기지와 포장도로, 산의 가장자리를 절단하는 고속도로의 신설, 서울대공원의 조성 등의 개발로 일부 생태계의 보존상태가 좋지 못하나 그 외는 산자락이 온전히 보존되어 생태적으로 보존가치가 높은 지역입니다.
산의 하부와 중부는 비교적 경사가 완만하여 거의 평탄지역을 이루어 비교적 적습한 토양수분 상태를 지니고 있어 다양한
낙엽활엽수종이 흔하게 나타나고 있다. 상수리나무, 쪽동백나무, 신갈나무, 졸참나무, 굴참나무, 산벚나무, 다릅나무, 물푸레나무, 소나무, 은방울꽃,
애기나리, 둥글레, 생강나무, 개암나무, 느릅나무, 대사초, 남산제비꽃, 백선, 붓꽃 등이 이에 해당된다.
산의 중부부터는 사면쪽으로 신갈나무, 굴참나무, 당단풍, 귀룽나무, 복자기나무, 산사나무, 고로쇠나무, 팥배나무, 염주나무, 느릅나무, 다릅나무 등이 특징적이다.
산의 정상부는 신갈나무, 당단풍, 철쭉이 우점하는 가운데, 소나무는 고립되어 있으며, 떡갈나무, 노린재나무, 진달래, 풀솜대, 애기나리, 둥글레, 단풍취, 솔붓꽃,
나도기름새 등이 뒤섞여 있다.
청계산은 해발 200m 부근의 계류주변 평탄지를 중심으로 매우 넓은 면적의 산사나무 군락이 발달해있는 점과 산록부의 양지바르나 약간 그늘이 진곳을 중심으로
약재로 쓰이는 운향과 백선군락이 출현하는 점이 특징이다.